Bio-ingénieur / Bio-ingénieure

Salaire : Annuel de 27590,00 Euros à 32942,00 Euros sur 12 mois

Expérience : 2 ans

L'UMR DIADE travaille sur l'étude de plantes d'intérêt agronomique pour les pays du Sud. Les mécanismes contrôlant le développement de ces plantes, les impacts de la diversité génétique sur ces processus et leur importance pour l'adaptation des plantes aux conditions environnementales sont les cibles de ces travaux de recherche.

Vous participerez à l'analyse et à la gestion des données et au soutien bio-informatique des programmes scientifiques de l'unité. Vous développerez des applications sur les thématiques de l'unité et participerez à la mise au point et le développement d'outils bio-informatiques concernant l'analyse de grand volume de données génomiques/de séquençage haut débit. Vous interagirez avec les utilisateurs afin de mettre au point les paramètres nécessaires à l'analyse des données et à leur réalisation.
Ce poste s'inscrit également dans le cadre des activités du plateau bioinformatique Itrop. Vous travaillerez en étroite collaboration avec les 6 ingénieurs bio-informaticiens et informaticiens.
Vos activités seront les suivantes :

- Réaliser le traitement bio-informatique et le stockage des données générées au sein de projets de séquençage.
- Participer au développement d'outils nécessaires à l'analyse et à l'intégration des données issues de projets de séquençage à haut débit.
- Assurer la maintenance et le support technique des logiciels (détection et correction des dysfonctionnements) ainsi que la formation des scientifiques pour prendre en main ces outils.
- Participer à la gestion mutualisée du plateau bio-informatique i-trop en apportant une assistance technique auprès des utilisateurs et en participant aux activités transversales sous la responsabilité des bio-informaticiens
- Effectuer une veille technologique liés au domaine de compétence. Suivre l'évolution des techniques du domaine d'activité.
- Participer à la rédaction de documentations techniques pour les programmes développés.

Vous avez développé les compétences suivantes :
- Connaissances générales des approches bio-informatiques pour l'analyse de données de séquençage haut débit (WGS, RNA-seq).
- Connaissances opérationnelles des techniques de programmation liées à l'analyse bio-informatique de données : Unix/Linux Slurm, langage Python).
- Connaissances souhaitées : gestionnaire de workflow (snakemake, nextflow), jupyter book, R, git.
- Connaissance de l'anglais technique et scientifique du domaine
- Connaissances de base en biologie seraient un plus.
- Des compétences même minimales en statistiques seront appréciées.